売買契約書の内容をご確認下さい。

通常、土地の売買契約を行う場合は公簿取引か実測取引のどちらかで行います。

?公簿取引の場合は法務局に登記されている面積で取引をします。

今回のように実測面積と違っても異議をもう立てないものとする。

という約束になっています。

?契約前から今回のように実測面積と相違していると考えられる場合は

実測面積を図り、その面積で取引（精算）する取引を行います。

土地面積が実測面積はどの程度少なかったのでしょうか？

程度によっては宅地建物取引業者に過失（調査義務に）があるかもしれませんね。